Ben pesto tuttavia, la potenza di Amalfi iniziò a diminuire anche in conseguenza di alcune calamità naturali che si abbatterono improvvisamente sulla città: già nel 1013 infatti una tempesta di inaudita violenza spinse il mare ad allagare l'abitato, distruggendo l'intera flotta ancorata nel porto; nel secolo seguete poi la famiglia degli Altavilla si impadronì della Repubblica, quindi fu la volta dei Pisani, aiutati dai Genovesi che la saccheggiarono e la incendiarono nel 1135.
Quando ormai la gloriosa Amalfi repubblicana non esisteva più, la natura le diede il colpo finale: il 24 novembre 1343 un'altra terribile tempesta affondò ancora una volta tutte le navi della flotta, erose le strade e distrusse una parte della città, che da allora non riuscì pìù a tornare agli antichi splendori di un tempo.

Pisa

Pisa, posta alla foce dell'Arno, a dieci chilometri dal mare, possedeva un tempo un ottimo porto, il cosiddetto Porto Pisano, poi interratosi nel corso del Medioevo.
Pisa conquistò l'indipendenza politica nell'XI secolo, quando si intensificarono i suoi traffici nel Mediterraneo. Di lì a poco iniziarono le sue prime imprese in Sardegna ed in Corsica, dove essa incominciò ad esercitare la sua influenza economica, dopo aver contribuito a liberarle dai Saraceni.
Pisa infatti si alleò con Genova allo scopo di eliminare il comune pericolo musulmano, tanto che nel 1015 la flotta pisano-genovese riuscì ad infliggere una pesante sconfitta alle navi saracene, mentre un secolo dopo le due repubbliche osarono anche affrontare i secolari nemici nei loro possedimenti delle Baleari, scacciandoli anche da quell'arcipelago.
Una volta sgombrato il Tirreno da quei pirati le due città si abbatterono su Amalfi, che disturbava i loro traffici nel Mediterraneo Orientale. Pisa fu poi alleata dei Normanni, ai quali agevolò la conquista della Sicilia e partecipò con un gran numero di navi alla Prima Crociata, ricavandone ingenti benefici economici, fondando in Oriente colonie mercantili ed accrescendo i suoi traffici.

Il secolo XII corrispose al periodo di maggiore fortuna per la Repubblica Marinara di Pisa: essa raggiunse il proprio splendore nel 1165, quando ottenne il controllo sulla fascia costiera che va da Portovenere a Civitavecchia, il riconoscimento di diritti e privilegi feudali a Napoli, a Salerno, in Calabria, in Sicilia ed il controllo di tutta la Sardegna in feudo. Di lì a poco, tuttavia, l'antica alleanza con Genova si trasformò in aperta rivalità: ormai infatti il Mediterraneo Occidentale era troppo piccolo per le due potenze marinare.
A ciò si devono anche aggiungere il conflitto con Firenze, che voleva arrivare al mare dall'Arno e le lotte interne tra i vari ceti sociali, che contribuirono alla progressiva decadenza politica della città. Ma l'episodio che segnò il definitivo tramonto della Repubblica pisana fu la famosa sconfitta subita ad opera dei Genovesi nella battaglia della Meloria, presso Livorno, il 6 agosto 1284; questo arrecò al Comune un colpo dal quale non riuscì a riaversi, che lo privò di tutta la sua flotta ed inasprì le lotte intestine portandole all'esasperazione.

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